Prosjektnummer
901838
Sårbakterier i sjøbasert lakseoppdrett – spesialiserte inntrengere eller tilfeldig forbipasserende?
-
Nyhet: Sårbakterier hos laks – spesialiserte inntrengere eller tilfeldig forbipasserende?
Norsk Fiskeoppdrett, s. 44. November 2023. Av Snorre Gulla, Karoline Sveinsson, Bjørn Spilsberg, Ottavia Benedicenti, Raoul Valentin Kuiper, Anne Berit Olsen, Hanne Nilsen, Karin Lagesen og Duncan Colquhoun.
Ulike sårtilstander i sjøfasen er fortsatt blant de største helse- og velferdsutfordringene innen norsk lakseoppdrett. Spesifikke varianter av bakteriene Moritella viscosa og Tenacibaculum finnmarkense, samt til en viss grad Aliivibrio wodanis, påvises ofte i slike sår, gjerne sammen med diverse andre nærbeslektede bakterievarianter/-arter. Disse sårassosierte bakteriene vil studeres ved hjelp av molekylære metoder, men der tidligere forskning primært har fokusert på isolater fra fisk med sår, ønsker man nå i tillegg å kartlegge prevalens og diversitet blant disse i sjøvannet som omgir fisken. Dette vil bidra til å forstå i hvilken grad risikoen for sårutvikling avhenger av disse marine bakteriesamfunnenes sammensetningen, samt om de bakteriestammene som ofte forbindes med sår har spesielle egenskaper av vesentlig betydning. Prosjektet vil i stor grad bygge videre på kunnskap og metodikk etablert gjennom flere tidligere forskningsprosjekter ved Veterinærinstituttet.
Hovedmål
Å generere kunnskap om hvorfor spesifikke varianter av Moritella viscosa og Tenacibaculum finnmarkense er overrepresentert blant isolater dyrket fra oppdrettslaks i sjø med sår.
Delmål
1. Å kartlegge i hvilken grad de variantene av T. finnmarkense og M. viscosa som til enhver tid dominerer hos laks med sår gjenspeiler (og dermed styres av) bakteriepopulasjonenes relative og totale sammensetning i sjøvann, og om eventuelle svingninger kan knyttes til geografi og/eller sesong.
2. Å etablere hvorvidt enkelte Tenacibaculum- og/eller M. viscosa-varianter forekommer hyppigere i tidlige faser av sårutbrudd, mens andre mulig mindre virulente eller avirulente varianter følger etter i senere faser.
3. Å identifisere det genetiske grunnlaget for virulens/vertsspesifisitet hos sårassosierte varianter av M. viscosa og T. finnmarkense.
4. Å kartlegge genetisk diversitet blant Aliivibrio wodanis og hvorvidt spesifikke varianter fremstår som tettere assosiert med sår hos laks.
Prosjektet vil ha en klar næringsnytte gjennom å genere grunnleggende kunnskap for bedret forebygging mot de store sårproblemene man i dag opplever innen norsk sjøbasert lakseoppdrett. Dette vil resultere i vesentlige økonomiske besparelser, samt bedret dyrevelferd. Konkret forventes funn fra prosjektet å legge til rette for utarbeidelse av “beste praksis” råd bl.a. knyttet til å planlegging av sjøsetting, avlusning og annen potensielt stressende eller skadelig håndtering. Kartlegging og karakterisering av de involverte bakteriene, i sår og i sjøvann, vil samtidig være av stor relevans for utvikling av vaksiner og vaksineringsstrategier.
Prosjektet er inndelt i tre faglige arbeidspakker (AP-er) og én arbeidspakke for kommunikasjon og formidling. Metodikk og tidligere genererte data fra de FHF-finansierte prosjektene “Yersiniose: Utredning av økende forekomst hos norsk oppdrettslaks i sjøfasen” (FHF-901505), “Pasteurellose hos norsk laks” (FHF-901680) og “Tenacibaculum spp. som årsak til atypisk vintersår på norsk oppdrettslaks” (FHF-901434) og det Forskningsrådsfinansierte “Robust lakseskinn - genetikk, vaksinering og ernæring” (Forskningsrådets prosjektnr. 281800), samt fra et internfinansiert stipendiatprosjekt, danner viktig kunnskapsgrunnlag som flere av aktivitetene i AP1 og 2 vil utnytte og bygge videre på.
AP1: Kartlegging av Moritella viscosa og Tenacibaculum smittepress i sjøvann
Ansvarlig: Veterinærinstituttet, Grieg Seafood, Lerøy Seafood Group
I denne arbeidspakken vil man kartlegge populasjonssammensetninger av M. viscosa og Tenacibaculum i sjøvann gjennom et helt år på 6 utvalgte “sentinel”-anlegg (tilhørende henholdsvis Lerøy Seafood Group og Grieg Seafood) jevnt fordelt i Rogaland, Trøndelag og Finnmark. Dette vil oppnås gjennom ukentlige uttak av vannprøver som filtreres og undersøkes ved hjelp av et batteri med spesifikke PCR-analyser utviklet av prosjektet. Sårsituasjonen i anleggene vil samtidig registreres og følges opp med prøveuttak, og bakterieisolater både fra fisk med sår og sjøvann vil dyrkes frem for videre karakterisering i AP2 og 3. Med de samlede resultatene fra denne overvåkningen vil man kunne anslå i hvilken grad diversiteten blant sårassosierte bakterieisolater gjenspeiler den til enhver tid gjeldende situasjonen i sjøen. AP-en er knyttet til realisering av delmål 1 og 2.
AP2: Identifikasjon av genetiske determinanter for sår- og vertsassosiasjon hos Moritella viscosa og Tenacibaculum finnmarkense
Ansvarlig: Veterinærinstituttet
I denne arbeidspakken vil helgenom-sekvenser fra utvalgte M. viscosa og T. finnmarkense isolater studeres med bioinformatiske verktøy med mål om å identifisere genetiske komponenter som kan knyttes spesielt til sårutvikling hos laks. En kombinasjon av to komplementære sekvenseringsteknologier vil benyttes for å få mest mulig ut av analysene. Genomene vil også brukes til å utvikle verktøy for spesifikk lokalisering av sårassosierte bakterievarianter direkte i vevsprøver (in situ hybridisering). Samlet vil resultatene fra dette arbeidet legge grunnlag for en bedret forståelse av hvordan og hvorfor disse bakteriene forårsaker sår. AP-en er knyttet til realisering av delmål 3.
AP3: Fylogenetisk populasjonsstudie av Aliivibrio wodanis forbundet med sår hos oppdrettslaks
Ansvarlig: Veterinærinstituttet
Mens det for M. viscosa og T. finnmarkense finnes en relativt god oversikt over hvilke spesifikke genetiske varianter av disse bakteriene som har dominert blant sårtilfeller i senere år, vet man ikke om slike mønstre også forekommer blant A. wodanis. I denne arbeidspakken vil dette undersøkes gjennom helgenom-sekvensering av utvalgte A. wodanis fra diverse opphav, men med hovedvekt på isolater fra laks med sår. Også isolater funnet i blanding med blant annet M. viscosa, som har vært vanlig, vil inkluderes. Bioinformatiske analyser vil så gi et bilde av populasjonsstrukturen til denne bakteriearten, og eventuelt om spesifikke varianter av den kan knyttes spesielt tett til sårutvikling hos laks. AP-en er knyttet til realisering av delmål 4.
AP4: Kommunikasjon og formidling
Ansvarlig: Veterinærinstituttet
Utadrettet kommunikasjon og formidling fra prosjektet, herunder populærvitenskapelige- og vitenskapelige publikasjoner, konferanseinnlegg og nyhetsmeldinger, vil organiseres innunder denne arbeidspakken. Mot slutten av prosjektet vil det også arrangeres et næringsrettet webinar med mål om å bringe viktig kunnskap avdekket gjennom prosjektet ut til relevante aktører. Se for øvrig Formidlingsplan.
Prosjektorganisering
Prosjektet vil ledes og administreres av Veterinærinstituttet. Industripartnere er Lerøy Seafood Group og Grieg Seafood, som vil bidra med prøveinnsamling fra deltagende sjølokaliteter.
Planlagte formidlingstiltak fra prosjektet:
• Minst 3 innlegg (foredrag/poster) på relevante konferanser (Frisk Fisk, Havbruk, EAFP (arrangert av European Association of Fish Pathologists e.l.).
• Minst 3 populærvitenskapelige publikasjoner i relevante medier (Norsk Fiskeoppdrett, Kyst.no, Intrafish e.l.).
• Minst 3 innlegg (foredrag/poster) på relevante konferanser (Frisk Fisk, Havbruk, EAFP (arrangert av European Association of Fish Pathologists e.l.).
• Minst 3 populærvitenskapelige publikasjoner i relevante medier (Norsk Fiskeoppdrett, Kyst.no, Intrafish e.l.).
• Annonsering av relevante leveranser, funn, prosjektaktiviteter etc. gjennom nyhetsoppslag på Veterinærinstituttet sine nettsider.
• Åpent webinar om “Sårbakterier i marin lakseoppdrett”. Dette vil rettes spesielt mot interessenter i næringen, men vil også trolig ha relevans for ulike forsknings- og forvaltningsaktører. Utover å presentere ferske resultater fra prosjektet, vil også relevante eksterne innlegg inviteres inn.
• 3 vitenskapelige publikasjoner (åpen tilgang) i engelskspråklige, fagfellevurderte tidsskrifter.