Prosjektnummer
901288
Arbeidsmøte: Overvåking av mikrobielle samfunn for økt biosikkerhet som driftsstyringsverktøy og økt produksjon i fiskeoppdrett (MONMIC)
Arbeidsmøtet ble gjennomført med et godt utvalg deltagere fra næringen (smolt-, rensefisk- og utstyrsprodusenter) og forskere.
Sammendrag av resultater fra prosjektets faglige oppsummering
Møtet konkluderte med at til nå har mulighetene for oppdrettsanlegg til å overvåke mikrobiotaen (bakteriesamfunnet i anlegget) vært begrenset til rutineinnsending av prøver ved bruk av PCR (polymerasekjedereaksjon) og histologi, hvor diagnostiseringen ofte skjer etter at sykdomsbakterier allerede har skapt problemer i anlegget. Sammensetningen av bakteriearter kan i mange tilfeller være mye viktigere for oppdrettssuksessen enn antallet. Det vil være en stor fordel for både oppdretter og anleggsansvarlig veterinær dersom negative endringer i sammensetningen av bakteriesamfunnet (eventuelt også virus, alger og sopp) i anlegget kan registreres så tidlig som mulig. Dermed vil en i god tid kunne sette inn tiltak for å snu en negativ utvikling før fisken belastes i vesentlig grad, i forbindelse med planleggingen av nødvendige driftsoperasjoner som kan medføre stress for fisken og dermed øke sårbarheten for infeksjon og sykdom.
Møtet viste at det kan være gode muligheter for tidligere signaler og dermed bedre muligheter for å gjøre tiltak om bakteriemiljøet i oppdrettsanlegg endres i “feil” retning. At nesten alle de tilstedeværende anleggene signaliserte at dette kan ha stor nytteverdi, også for å lære og forstå mer om hvordan vannkvalitetsdynamikken i anleggene påvirker fiskehelse, gjør at dette må vurderes som potensielt viktig i arbeidet med å produsere robust fisk mest mulig sikkert. Foreløpig er det likevel begrenset kunnskap om dette, så det kan være riktig å ta et lite skritt av gangen.
-
Sluttrapport: Oppsummering av arbeidsmøte om mikrobiotaovervåking i oppdrettsanlegg
SINTEF. Referat / oppsummering av møte om mikrobiota i ulike typer oppdrettsanlegg avholdt 6. oktober 2016. Av Stine Wiborg Dahle, Kari Attramadal og Roman Netzer.
I tidligere forskning med fokus på analyse av mikrobesamfunn med metagenomanalyser, har det også blitt analysert noen prøver fra landbaserte fiskeoppdrettsanlegg. I forbindelse med dette har næringen vist stor interesse for mer systematiske, detaljerte og hurtige mikrobesamfunnsanalyser.
For å synliggjøre og diskutere hva denne teknologien kan bidra med for næringen, kartlegge mer nøyaktig mulige behov i operasjonell sammenheng, og for å diskutere problemstillinger og teknologi/kunnskap om dette generelt, er det nyttig å gjennomføre et målrettet, åpent arbeidsmøte.
Å presentere relevante resultater i pågående prosjekter som viser nye muligheter innenfor oppdrettsnæring, og å etablere grunnlag for samarbeid innenfor overvåking av mikrobesamfunn og deteksjon av potensielle patogene mikrober i akvakulturanlegg ved bruk av metagenomanalyser og andre molekylærbiologiske metoder.
Konkrete mål for arbeidsmøtet
• Å presentere eksisterende teknologi.
• Å kartlegge industriens behov.
• Å kartlegge industriens behov.
For industrien
Aktiv påvirkning i utvikling, etablering og standardisering av nye verktøy for å sikre, overvåke og øke produksjon og verdiskapning.
For forskningsinstitusjoner
Målrettet utvikling av ny teknologi etter industriens behov, tilgang til prøvemateriale for forskning innenfor anvendt mikrobiologi.
Det forventes at arbeidsmøtet skaper samarbeid som bidrar til å overvåke og sikre produksjon i oppdrettsanlegg på kort sikt.
Studier og metodeutvikling for å løse konkrete problemstillinger vil også bidra til å øke produksjon på lang sikt.
Arbeidsmøtet skal avholdes i uke 40, 2016. Det foreløpige programmet har følgende elementer:
• Velkommen og innledning.
• Presentasjon av deltagere.
• Resultater fra relevante pågående prosjekt hvor mikrobesamfunnsanalyser og deteksjon av patogener er en del av arbeidet.
• Teknologi og kunnskap angående nye metoder for deteksjon av patogener, mikrobiotaanalyser og functional metagenomics (analyse av alt arvemateriale (DNA) som finnes i prøvene som tas).
• Konseptidé for overvåkingsprogram av mikrobiologi i oppdrettsanlegg (MONMIC).
• Diskusjon, evaluering av konseptet og kartlegging av industriens behov.
• Velkommen og innledning.
• Presentasjon av deltagere.
• Resultater fra relevante pågående prosjekt hvor mikrobesamfunnsanalyser og deteksjon av patogener er en del av arbeidet.
• Teknologi og kunnskap angående nye metoder for deteksjon av patogener, mikrobiotaanalyser og functional metagenomics (analyse av alt arvemateriale (DNA) som finnes i prøvene som tas).
• Konseptidé for overvåkingsprogram av mikrobiologi i oppdrettsanlegg (MONMIC).
• Diskusjon, evaluering av konseptet og kartlegging av industriens behov.
En rapport vil bli forfattet og sendt til alle deltagere, og publisert på FHF og SINTEF sine nettsider.
-
Sluttrapport: Oppsummering av arbeidsmøte om mikrobiotaovervåking i oppdrettsanlegg
SINTEF. Referat / oppsummering av møte om mikrobiota i ulike typer oppdrettsanlegg avholdt 6. oktober 2016. Av Stine Wiborg Dahle, Kari Attramadal og Roman Netzer.