Alphavirus (Togaviridae) fra laksefisk i norsk oppdrett. Karakterisering, vertikal overføring og studie av vevs/celle-tropisme

En viktig del av prosjektet ble å karakterisere genomet til det norsk salmonid Alfavirus (SAV 3). Dette ble gjennomført ved sekvensering av fullengde SAV 3 og sammenligning av dette viruset med SAV 1 (SPDV) og SAV 2 (SDV) som man finner i henholdsvis Irland/UK og Frankrike/UK. RNA ble renset fra vevsprøver fra smittet fisk og cDNA ble syntetisert. Deretter ble det kjørt PCR hvor en brukte en rekke primerpar som dekker hele genomet (ca 12 kb). PCR-produktene ble til slutt renset og sekvensert ved hjelp av Big Dye 3.1. Dette ga oss sekvensen av hele genomet til SAV 3 og det viste at dette genomet er distinkt og skiller seg fra både SAV 1 og SAV 2. Dette forsøket er publisert i artikkelen til Hodneland et al. 2006, "New subtype of salmonid alphavirus (SAV), Togaviridae, from Atlantic salmon
Salmo salar and rainbow trout Oncorhynchus mukiss in Norway".